Назва церкви - Сен-Меррі - нагадує про пустельника Медеріке, або святого Меррі, який був похований на цьому місці ще в VIII столітті. Перша ж церква тут була збудована в X столітті. Тоді вона підпорядковувалася Нотр-Даму і вважалася однією з його «дочок» (всього таких «дочок» було у Нотр-Дама чотири).
Нинішній будинок було побудовано в 1510-х роках. На порталі можна розгледіти дивних для такої споруди зображень тварин: жабу, ящірку і змію.
Протягом ряду років храм був парафіяльною церквою італійських банкірів. Всередину варто заглянути для того, щоб помилуватися вітражами XVI століття і дерев'яним різьбленням.
Храм постраждав в період Французької революції, так як в ньому розмістили фабрику, на якій робили селітру. Тому його сильно реставрували згодом. Він також неодноразово згадується в романі Віктора Гюго «Знедолені».