Музей Менорки є важливим історичним пам'ятником острова, причому не тільки через свою унікальну колекцію, що розповідає про життя і історії аборигенів, але також через свого місця розташування. Музей знаходиться в стінах старовинного францисканського монастиря (Convento de San Francisco), побудованого в стилі бароко в XVII-XVIII століттях. Після відходу ченців в ньому влаштувалося морехідне училище, потім публічна бібліотека, середня школа та дитячий будинок, а в 90-ті роки тут був заснований музей.
Безліч експонатів з колекції музею було виявлено на острові під час розкопок. У їх числі - предмети побуту, бувалі карти і картини.